我院前身是1913年建立的南滿(mǎn)鐵道株式會(huì )社公主嶺農事試驗場(chǎng)；1938年改稱(chēng)偽滿(mǎn)洲國國立公主嶺農事試驗場(chǎng)；1946年國民黨政府接管，改名農林部東北農事試驗場(chǎng)；1948年?yáng)|北解放，建立了東北行政委員會(huì )農業(yè)部公主嶺農事試驗場(chǎng)；1950年改為東北人民政府農林部農業(yè)科學(xué)研究所，是當時(shí)新中國接收的三個(gè)成建制專(zhuān)門(mén)農業(yè)科研機構之一；1953年改稱(chēng)東北行政委員會(huì )農業(yè)局東北農業(yè)科學(xué)研究所；1954年改為農業(yè)部東北農業(yè)科學(xué)研究所；1958年改為中國農業(yè)科學(xué)院東北農業(yè)科學(xué)研究所；1959年下放到吉林，成立吉林省農業(yè)科學(xué)院。2004年吉林省政府和中國農科院依托吉林省農業(yè)科學(xué)院共建“中國農業(yè)科技東北創(chuàng )新中心”，與吉林省農業(yè)科學(xué)院合署辦公。